農畜産物ゲノム情報データベース

カイコ等昆虫ゲノムデータベース


PVcDNA
生物種: Polypedilum vanderplanki
説明: ネムリユスリカ、Polypedilum vanderplanki (Diptera, Chironomidae) は干ばつの際、ほぼ完全に脱水した幼虫が補水後に復活することができる程度に、極端な乾燥耐性を示す昆虫です。
cDNAは、乾燥処理の後に0h 12h 36hで幼虫の全身から構築された様々なcDNAライブラリに由来します。ESTデータベースは、キーワード、クローン名または遺伝子オントロジーによってアクセスすることができます。

PcsEST
生物種: Plautia crossota stali
説明: 日本語で チャバネ-アオ-カメムシと呼ばれる東洋のカメムシ(PS, Plautia crossota stali)は、様々な果物や野菜の汁を吸う。それは農産物の品質を劣化させます。
ESTは中腸から構築された2つのcDNAライブラリに由来しています。ESTデータはキーワード、クローン名と遺伝子オントロジー用語でアクセス可能です。

YOKOBAI (NC: green rice leafhopper) EST
生物種: Nephotettix cincticeps
説明: 日本語で TSUMAGURO-YOKOBAIと呼ばれるgreen rice leafhopper (NC, Nephotettix cincticeps) は、イネの導管の捕食者です。これはウイルスやマイコプラズマ病を伝染させます。ボディカラーはフェアリーグリーンで、オス前翅の先端は黒です。
ESTは、異なる組織や発達段階から構築された様々なcDNAライブラリーから得られます。 ESTデータはキーワード、クローン名と遺伝子オントロジー用語でアクセス可能です。

KONAGAbase
生物種: Plutella xylostella
説明: KONAGAbaseはコナガ (Plutella xylostella) のゲノムデータベースです。本データベースは現在、BLAST、HMMER3、および、Blast2GOによる有用なアノテーション情報とシーケンスデータを提供します。

Brown planthopper Maps & Markers Database
生物種: Nilaparvata lugens
説明: イネの害虫であるトビイロウンカ(BPH, Nilaparvata lugens)の遺伝子連鎖地図やマーカーを参照できます。現在、474のSSR、43のSNP、1つのSTSマーカーから構成されています。

UNKA (BPH) EST
生物種: Nilaparvata lugens
説明: トビイロウンカのcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。 キーワード等の検索により、ESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。

SGP
生物種: Bombyx mori
説明: カイコゲノム研究プログラム(SGP)は、現在EST、染色体連鎖地図およびゲノム配列データを含むカイコ・ゲノム・データをすべて統合する「KAIKOBase」という中核データベースに「BombMap」および「SilkBase」からの情報をすべて組み入れています。また、KAIKOBLAST, KAIKOGASSなどが公開されています。

KAIKObase
生物種: Bombyx mori
説明: カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 複数のビューアが存在し、マーカ・遺伝子・形質等のゲノム位置や注釈(アノテーション)情報をグラフィカルに参照できます。 またお手持ちの配列とカイコゲノム配列との類似性検索(BLAST)も行えます。

KAIKOcDNA
生物種: Bombyx mori
説明: カイコゲノム研究プログラム(SGP)で蓄積されているcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。 キーワード等の検索により、ESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。

BombyxTrap DataBase
生物種: Bombyx mori
説明: カイコのGAL4エンハンサートラップ挿入系統による発現情報とゲノム挿入位置が格納されたデータベースです。挿入系統の画像データや観測データをキーワード検索や画像選択によって参照できます。また挿入近傍(InversePCR)配列により挿入系統ごとのゲノム位置が決められており、ゲノム位置からの検索もできます。

BombMap
生物種: Bombyx mori
説明: カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 グラフィカルなビューア(Javaアプレット)により、遺伝地図と物理地図の関連やマーカ情報を参照できます。

KAIKOBLAST
生物種: Bombyx mori
説明: カイコの配列類似性検索(BLAST)を行うためのシステムです。お手持ちの配列とカイコ関連配列との類似性検索を行えます。検索できる配列にはカイコのゲノム配列や遺伝子配列だけでなく、線虫やハエの遺伝子配列もあります。

KAIKOGAAS
生物種: Bombyx mori
説明: カイコゲノム配列を元にタンパク質をコードする遺伝子構造を自動予測するシステムです。 予測処理では複数の解析ツール(GeneScan、FGENESH、HMMER等)の解析結果を統合して行なっています。 カイコゲノム配列に対する本システムの予測結果が参照できます。 またお手持ちの塩基配列に対しての予測処理もできます。

KAIKO 2DDB
生物種: Bombyx mori
説明: カイコの2次元電気泳動(プロテオーム)情報を格納したデータベースです。 組織・発生段階毎のスポット情報をキーワード検索や画像選択により参照できます。

食品害虫サイト (貯穀害虫・天敵図鑑)
生物種: Hexapoda
説明: 貯蔵食品中で生育する昆虫とその天敵情報を格納したデータベースです。 昆虫の形や名称、食品の種類から検索することができ、形態・加害食品・防除方法等の情報を参照できます。

KiTSOSY
生物種:
説明: 日本国内の農林業病害虫雑草に関する文献の概要情報(題名・雑誌名等)をキーワード検索や発行年検索により参照できます。